Наконец, при папе Юлии II (1503-1513) в 1505 году начались работы над новой базиликой. Первоначально архитектором был назначен Джулиано да Сангалло, но папа быстро заменил его на Донато Браманте, представившего несколько версий конструкции здания, основанных на греческом кресте с большим центральным куполом. Это была расширенная версия его знаменитого Tempietto в Сан Пьетро ин Монторио.
К сожалению, Браманте немедленно уничтожил трансепт старой базилики вместе с церковью Санта Петронилла и множеством произведений искусства, даже не попытавшись сохранить их или хотя бы сделать соответствующие записи. Это был настоящий вандализм, самым идиотским примером которого стало разрушение античного порфирового саркофага с мощами Святой Петрониллы.
Папа заложил фундамент новой базилики 18 апреля 1506 года, буквально через несколько недель после начала сноса. После этого Браманте установил опоры центрального купола и подвесные арки, а внутри, над святыней, поставил временную каменную церковь (она простояла до 1592 года). Больше, до смерти папы в 1513 году, ничего не происходило. Браманте, занятый работой в соседнем дворце, умер в следующем году.
Новый папа, Лев X (1513-1521), снова вызвал Джулиано да Сангалло, который к этому времени был уже пожилым человеком. Вместе с ним пригласили Рафаэля и Фра Джованни Джокондо, а так же талантливого племянника Джулиано, Антонио да Сангалло Младшего, в качестве ассистента.
По мере того, как приходило понимание, что церкви требуется больше внутреннего пространства, план здания менялся. В итоге было решено удлинить неф, и греческий крест Браманте превратился в латинский (видимо, по предложению Рафаэля). Рафаэль умер в 1520 году, и вариант латинского креста был отброшен как слишком дорогостоящий. В 1521 году умер Лев X, успев перед смертью вызвать Бальдассаре Перуцци на замену Рафаэлю. Получилось так, что правление Льва X «видело много планов, но мало дел». Работы снова остановились.
Прогресс начался при папе Павле III (1534-1549). В 1534 году он поручил Перуцци возобновить работу, но тот умер в 1536 году (да что ж такое!), и вместо него вернулся Антонио да Сангалло Младший. Он поставил апсиды в концах нового трансепта и временную разделительную стену между сохранившимся от старой базилики нефом и строительной площадкой. В 1546 году умер и он. Ответственность за проект взял на себя Микеланджело. Он возглавлял работы до собственной смерти в 1564 году в возрасте 89 лет.
Микеланджело выбрал упрощенную версию одного из проектов Браманте, основанного на греческом кресте. Именно он несет ответственность за основную часть сегодняшней базилики, расположенную за нефом. Огромный купол, созданный по его проекту, должен был расположиться на четырех отдельно стоящих вокруг святыни опорах. Опоры должны были обрамляться четырьмя проходами квадратной формы, каждый из которых заканчивался апсидой. Над углами всей площади сооружения предполагались четыре меньших купола (построены только два). Большая часть этого плана и есть то, что мы имеем сейчас.
Исключение составляют две апсиды — дальняя, укороченная для сегодняшней Tribuna, и ближняя, замененная нефом.
Когда Микеланджело умер, апсида левой стороны трансепта была структурно завершена и апсида правой стороны почти тоже. Практически был закончен барабан купола. Ничего не было сделано с фасадом. Опоры Браманте были разрушены для замены их более крупными. Нефу старой базилики предстояло существовать еще 40 лет.
Преемниками Микеланджело стали Пирро Лигорио и Джакомо да Виньола, правда первый был уволен уже в 1566 году. Виньола завершил барабан купола и северный конец трансепта, но больше практически ничего не сделал до своей смерти в 1573 году. На замену ему папой Григорием XIII (1572-1585) был назначен Джакомо делла Порта. Для папы была оборудована часовня Capella Gregoriana, куда переместили мощи Святого Григория Богослова (Gregory Nazianzen), принудительно изъятые из женского монастыря церкви Санта Мария делла Кончеционе ин Кампо Марцио.
Папа Сикст V (1585-1590) в 1585 году назначил Доменико Фонтана помощником Делла Порта. Фонтана переместил античный обелиск с его первоначального места на нынешнее в 1586 году. Колоннадной площади тогда еще не было, а древние атриум и неф были, скорее всего, еще целыми.
В 1589 году Делла Порта завершил возведение купола, который был официально открыт после нанесения на него свинцового покрытия в 1593 году. В это же время была окончательно убрана временная церковь над святыней, поскольку теперь на последнюю перестала воздействовать погода. В 1594 году папа Климент VIII (1592-1605) освятил новый главный алтарь, а Делла Порта построил под ним конфессио. Он также заложил фундамент Grotte (так называемой Capella Clementina) и создал тайный проход из нее во дворец.
Делла Порта умер в 1602 году, потратив предыдущие восемь лет на приведение сооружения в порядок и добавление декоративных элементов. Ему на смену был назначен Карло Мадерна, но работы остановились.
Продолжение последовало после избрания папы Павла V (1605-1621). Неф старой базилики пришел в такое опасное состояние, что Fabbrica (отдел по обслуживанию базилики) санкционировала его снос. Это произошло в 1606 году, несмотря на сильное давление, направленное на то, чтобы закончить проект, сохранив старый неф просто присоединив его к новому зданию. Заодно снесли атриум, портик и колокольню.
Была признана правота Рафаэля в том, что церкви нужен более просторный неф. Работу над ним в 1607 году начал Мадерна. Его проект предполагал постройку и трех новых часовен с каждой стороны, а так же формального фасада с лоджией. К сожалению, после начала работы в 1612 году было решено добавить пару окружающих фасад кампанилл, но их фундаменты были заложены неправильно. В результате работу над ними остановили по достижении уровня крыши фасада. Фасад, законченный в 1614 году, получился непропорциональным и с тех пор часто подвергался серьезной критике.
Проект нефа включал в себя еще и расширение Grotte, которая сама стала миниатюрной базиликой. Последнее, что сделал Мадерна, это переоборудование конфессио. Он умер в 1629 году.
Теперь базилика была структурно завершена (за исключением колоколен), но внутренняя отделка продолжалась еще около 50 лет. Торжественное ее освящение в 1626 году провел папа Урбан VIII (1623-1644). И в этом же году он поручил Джан Лоренцо Бернини сооружение бронзового балдахина — знаменитого baldacchino – над главным алтарем и святилищем. Это заняло Бернини до 1633 года, и вместе с тем в 1629 году он был назначен новым архитектором базилики на замену Мадерна. Закладка фундаментов балдахина позволила так же соорудить под основаниями купола четыре маленьких часовенки с проходами, связавшими их с Grotte.
В 1637 году произошла катастрофа. Бернини попытался завершить две примыкавших к фасаду колокольни. Он достроил два этажа южной кампаниллы над уровнем крыши фасада, но в 1641 году неадекватный фундамент сдвинулся, колокольня развалилась и ее пришлось снести. Смерть папы в 1644 году отменила любые мысли об альтернативной схеме. Базилика достигла своего нынешнего состояния, и больше не производилось никаких ее структурных изменений. Интерактивный план базилики можно посмотреть здесь.
Колоннады Пьяцца Сан Пьетро были начаты Бернини в 1657 году и закончены в начале 1667 года. В этот же период времени Бернини построил Кафедру Святого Петра. Он занимался дальнейшей внутренней отделкой базилики, в том числе папскими гробницами, вплоть до своей смерти в 1680 году. Дальнейшие работы продолжил Карло Фонтана, спроектировавший баптистерий и второй фонтан на площади.
Всего два дополнения к базилике были произведены в понтификат папы Пия VI (1775-1799). Джузеппе Валадье установил часы и колокола на верхних ярусах колокольни и дополнил часовые циферблаты рамками в стиле рококо. Кроме того, была построена новая ризница (теперь это Казначейство). Она заменила собой ризницу и бывшую церковь Санта Мария делла Феббе, преобразованную из мавзолея 2 века и, следовательно, имевшую 1500 лет истории. Архитектор Карло Марчонни завершил эту работу в 1784 году.
Первый Ватиканский Собор состоялся в северном трансепте базилики в 1869 — 1870 годах. Площадка, использовавшаяся для этой цели, была временно отгорожена огромным экраном из дерева и холста, окрашенного под мрамор.
До середины 20 века к площади вели узкие улочки, а сама она была доступна для колесного транспорта. Первая проблема была решена между 1937 и 1950 годами, когда широкая Виа делла Кончилиационе прорезала плотно застроенный древний район Борго прямо по оси площади и базилики. Второй вопрос превратился в ужасную проблему с ростом числа автомобилей в Риме после Второй Мировой Войны. В 1970-х годах уровень трафика стал угрожать сохранности города, и в конце 20 века площадь, наконец, сделали пешеходной. В 2000 году очистили и перекрасили фасад базилики, а к 2014 году восстановили колоннады площади.
Второй Ватиканский Собор состоялся в нефе базилики с 1962 по 1965 годы. В этот раз использовался весь неф целиком.
В 1969 году состоялся акт вандализма в конфессио, когда статую папы Пия VI повредили молотком. В 1971 году было совершено куда более громкое нападение на Пьету Микеланджело. В результате, конфессио был закрыт, часовня Пьеты снабжена пуленепробиваемым стеклом и введены общие меры безопасности. Эти меры усилились после 11 сентября, а Ватикан превратился в закрытое сообщество.
Античный некрополь под базиликой обнаружился только из-за желания опустить ниже пол grotte, чтобы сделать крипту более подходящей для папских монументов (в самой базилике место для этого закончилось). Их расположение можно посмотреть здесь. В 1939 году был обнаружен первый из мавзолеев, и папа Пий XII (1939-1958) дал разрешение на раскопки и исследование гробницы Святого Петра. Работы проводились в строгой секретности до публикации результатов в 1956 году. Предполагаемая гробница, как было обнаружено, содержала кости нескольких человек, и в официальном докладе было объявлено, что никаких убедительных доказательств погребения здесь Святого Петра не найдено.
Результат оказался позорным. Археологические работы проводились под управлением монсеньора Людвига Кааса, не имевшем археологической подготовки, но получившим разрешение вмешиваться в раскопки. Кроме того, он потребовал, чтобы все найденные человеческие останки отправлялись ему без какого-либо научного анализа.
Специалист по надписям Маргерита Гвардуччи присоединилась к команде археологов в 1952 году, чтобы расшифровать остатки процарапанных вокруг гробницы граффити. Один человек из обслуживающего персонала базилики рассказал ей, что десять лет назад Каас самолично изъял части скелета из ниши над могилой и поместил их на склад, не уведомив об этом археологов. Этот человек, Джованни Сегони, оказался единственным свидетелем той процедуры и источника костей. В 1965 году Гвардуччи опубликовала это свидетельство принадлежности костей Святому Петру, и в 1968 году папа Павел VI (1963-1978) провозгласил их таковыми.
Однако в археологических терминах такого утверждения уже не будет. Цепь доказательств была нарушена, и мощи, которые теперь почитаются, задокументированы как обнаруженные в деревянном ящике на складе археологов. Ученые так же высказывают серьезные сомнения по этому вопросу, даже при условии принятия на веру неподтвержденных показаний Сегони (Каас уже умер к тому времени).
Чтобы быть честными по отношению к Каасу, нужно сказать, что у него были романтические ожидания, жестоко уничтоженные действительностью. До раскопок считалось, что мощи Апостола покоятся в бронзовом саркофаге, украшенном большим крестом из чистого золота, подаренным императором Константином. Существовала история о том, что крест видели в 1594 году при постройке алтаря. Конечно, остатки костей и неясные граффити на штукатурке вызвали у него большое разочарование.
Интерактивный план раскопанных под базиликой некрополей можно посмотреть здесь.
Часть 1.1. История. Основание и Темные Века.
Часть 1.2. История. Средневековье и Ренессанс.
Часть 1.3. История. Новая базилика.
Часть 2. Экстерьер
Часть 3.1. Интерьер. Структура и неф.
Часть 3.2. Интерьер. Главный алтарь, Святилище и купол.
Часть 3.3. Интерьер. Часовни приделов нефа.
Часть 3.4. Интерьер. Часовни и алтари трансепта.
Часть 3.5. Интерьер. Ризница
Часть 4.1. Подземные помещения. Старые Grotte.
Часть 4.2. Подземные помещения. Новые Grotte.
Часть 4.3. Подземные помещения. Некрополь.
Часть 5. Посещение.